Wittstocks Museumstraditionen reichen bis 1879 zurück. In jenem Jahr wurde am Gymnasium ein Museum gegründet. Ab 1883 war es der Öffentlichkeit teilweise zugänglich. Später fand es als Stadtmuseum sein Domizil im Gröpertor, dem einzigen erhaltenen Stadttor von Wittstock. Den 2. Weltkrieg haben die Sammlungsbestände weitgehend unbeschadet überstanden, nicht jedoch die Nachkriegszeit, in der sie mangelhaft untergebracht waren. Durch den Brand des Rathauses 1954 wurden wertvolle Teile der Sammlung unwiederbringlich zerstört.

Mitte der 1950er Jahre begann der Neuaufbau des Museums, das seit 1957 seine Ausstellungen im Turm der alten Bischofsburg präsentierte. 1991 erhielt das Museum das Fachwerkhaus sowie das Südtor hinzu. Im Fachwerkhaus finden heute vor allem die museumspädagogischen Maßnahmen statt. Dort werden auch die Sonderausstellungen gezeigt. Das Südtor dient ebenfalls der Museumspädagogik und beherbergt eine kleine Töpferwerkstatt. Nach der Kreisgebietsreform von 1993 kam das Museum vom Landkreis Wittstock in die Trägerschaft des Landkreises Ostprignitz-Ruppin. 1996 wurde auch das so genannte Bürgermeisterhaus Teil des Museums, in dem sich nun seit 1998 die regionalgeschichtliche Ausstellung befindet.

In den Jahren 1995 – 98 war das Museum unter der Schirmherrschaft des damaligen brandenburgischen Ministerpräsidenten Manfred Stolpe europäisches Förderprojekt. Alle Gebäude wurden miteinander verbunden. 1998 wurde der Komplex „Kreismuseen Alte Bischofsburg“ eröffnet. Neben dem Ostprignitzmuseum war nun auch das Museum des Dreißigjährigen Krieges entstanden, das als einziges seiner Art in Deutschland gilt. Die Museen sind in der Trägerschaft des Landkreises Ostprignitz-Ruppin. Die Immobilie gehört der Stadt Wittstock.